年末調整の書類に医療費を書く欄が見当たらず、「医療費控除はどこで申告するのか」と迷う人は少なくありません。結論から言うと、医療費控除は年末調整では受けられず、会社員でも自分で確定申告をする必要があります。年末調整を済ませたあとに、納めすぎた所得税を返してもらう「還付申告」として出す形です。この記事では、年末調整で扱えない理由、控除額の計算、確定申告の手順、出し忘れたときの期限を、国税庁の資料をもとに整理します。

医療費控除が年末調整で受けられない理由

年末調整は、会社がその年の給与と、社員が出した申告書の内容をもとに1年分の所得税を計算し直す手続きです。会社に出す申告書は、扶養控除等申告書、基礎控除・配偶者控除などの申告書、保険料控除申告書の3種類が基本で、住宅ローン控除の2年目以降もここで処理されます。医療費控除はこの中に含まれていないため、会社では計算できません。寄附金控除（ふるさと納税でワンストップ特例を使わない場合）や雑損控除も同じ扱いです。

そのため、医療費控除を受けたい会社員は、年末調整が終わったあとに税務署へ確定申告書を出します。国税庁の還付申告の説明でも、給与所得者が還付申告をできる例として「多額の医療費を支出したとき」が挙げられています。年末調整で一度精算された所得税から、医療費控除の分だけ追加で戻ってくると考えるとわかりやすいでしょう。年末調整で出す書類の全体像は年末調整の書き方がわからない人へにまとめています。

控除額の計算式と「10万円」の本当の意味

医療費控除の対象になるのは、1月1日から12月31日までに、自分や生計を一にする配偶者・親族のために実際に支払った医療費です。12月に受診しても支払いが翌年1月なら、翌年分の医療費になります。控除額は次の式で計算し、上限は200万円です。

手順内容
1. 支払った医療費本人と家族の分を合計する
2. 補てんされた額を引く生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費、出産育児一時金など
3. 基準額を引く10万円。総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5%

よく「医療費が10万円を超えないと使えない」と言われますが、所得が200万円未満の人は基準が下がります。例えば総所得金額等が150万円なら、基準は7万5,000円です。また、保険金などで補てんされた額は、その給付の対象になった医療費からだけ差し引きます。ある入院の給付金が入院費を上回っても、余った分をほかの通院費から引く必要はありません。

対象になる費用は、診療代や治療のための薬代のほか、通院の電車・バス代、入院中の部屋代や食事代、歯の治療費なども含まれます。一方で、健康診断の費用、ビタミン剤など予防や健康増進のための薬、自家用車で通院したときのガソリン代や駐車場代は原則として対象外です。タクシー代は、公共交通機関が使えない場合に限って対象になります。

戻ってくる税金は「控除額×税率」です。例えば、家族の医療費が年30万円、保険の給付金が5万円だった場合、控除額は30万円−5万円−10万円＝15万円です。所得税率10%の人なら所得税が約1万5,000円（復興特別所得税を除く）、住民税（所得割10%）が約1万5,000円で、合計約3万円軽くなる計算です。所得税率5%の人なら所得税は約7,500円で、合計は約2万2,500円になります。自分の年収での目安は医療費控除の還付金計算で試算できます。

会社員の確定申告のやり方：明細書とマイナポータル連携

申告には、確定申告書と「医療費控除の明細書」を作って提出します。以前のように領収書そのものを添付する必要はなく、病院や薬局ごとに支払額をまとめた明細書を付けます。ただし、税務署から確認を求められることがあるため、領収書は確定申告期限などから5年間手元に保管しておきます。健康保険組合などから届く「医療費のお知らせ（医療費通知）」を添付すれば、その分の明細の記入を省けます。

手順は次のとおりです。まず、勤務先からもらった源泉徴収票を用意します。源泉徴収票は申告書への添付は不要になっていますが、給与の金額や年末調整後の税額を入力するために使います。次に、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で給与所得と医療費を入力すると、明細書も含めて申告書ができあがります。マイナンバーカードがあれば、マイナポータル連携で医療費通知の情報を取り込んで自動入力でき、e-Taxでそのまま提出できます。領収書が多い人には、エクセルで入力して読み込める「医療費集計フォーム」も用意されています。源泉徴収票のどの欄を入力に使うかは源泉徴収票の見方で解説しています。

確定申告をすると、その内容は市区町村に伝わり、翌年度の住民税にも医療費控除が反映されます。板橋区の案内でも、確定申告をする場合は住民税の申告は必要なくなるとされています。住民税の軽減分は還付ではなく、翌年6月からの住民税が少なくなる形で受け取ります。

申告の期限は5年、セルフメディケーション税制との選択

医療費控除のための還付申告は、通常の確定申告期間（原則として翌年3月15日まで）に縛られません。その年の翌年1月1日から5年間提出できます。2026年分なら2027年1月から出せて、混み合う2〜3月を避けることもできます。過去に医療費が多かった年があれば、5年以内ならさかのぼって申告できます。

似た制度に、ドラッグストアで買う一部の市販薬が対象のセルフメディケーション税制があります。健康診断や予防接種などを受けている人が、対象の医薬品を年1万2,000円を超えて買った場合に、超えた分（上限8万8,000円）を控除できる特例です。通常の医療費控除とはどちらか一方しか選べず、申告したあとで選択を変えることもできません。通院や入院が多い年は通常の医療費控除、市販薬が中心の年はセルフメディケーション税制のほうが控除額が大きくなりやすいので、両方の金額を計算して比べます。なお、令和8年度の税制改正大綱では、この特例のうちスイッチOTC医薬品の部分は適用期限を撤廃し、それ以外の医薬品の部分は5年延長するとされています。

医療費が高額になった月がある人は、まず健康保険の高額療養費で払い戻しを受け、その分を差し引いた額で医療費控除を計算します。上限額の考え方は高額療養費の自己負担限度額で、年末調整そのものの還付額は年末調整の還付金シミュレーションで確認できます。

医療費控除の対象になる費用や手続きは、個別の事情によって判断が変わることがあります。詳しくは税務署または国税庁の資料でご確認ください。

出典: 国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）、国税庁 No.1122 医療費控除の対象となる医療費、国税庁 No.1129 セルフメディケーション税制、国税庁 No.2030 還付申告、国税庁 No.2662 年末調整のしかた、国税庁 医療費控除を受ける方へ（確定申告特集）、財務省 令和8年度税制改正の大綱、板橋区 住民税よくある質問